Les taux d’hypocrétine-1 dans le liquide céphalo-rachidien (LCR) sont effondrés chez le narcoleptique et l’analyse anatomo-pathologique post-mortem du cerveau rapporte une disparition quasi-complète de ces neurones hypocrétinergiques.

Un mécanisme neuro-dégénératif d’origine autoimmune est l’hypothèse la plus probable de cette perte neuronale.

Un cas de narcolepsie a toutefois été rapporté en rapport avec une mutation sur le gène codant pour la préprohypocrétine (précurseur des hypocrétines 1 et 2), comme dans le modèle narcoleptique canin (mutation sur le gène codant pour le récepteur 2 de l’hypocrétine).